Farmacotherapie is een behandeling met medicatie. Medicatie kan helpend zijn om klachten te verminderen of om bovenstaande behandelingen te ondersteunen. Soms zijn psychische klachten zo ernstig dat eerst inzet van medicatie nodig is alvorens een psychologische behandeling kan starten, maar meestal is het zo dat beide vormen van therapie gelijktijdig kunnen worden ingezet.
Net als alle andere organen hebben de hersenen bepaalde stoffen nodig om goed te kunnen functioneren. Als daarin een storing optreedt, kan dat grote gevolgen hebben. Juiste medicatie kan storingen corrigeren en daarmee symptomen en klachten verminderen of wegnemen.
Uitgangspunten voor behandeling met medicatie zijn de richtlijnen van de Nederlandse Vereniging van Psychiatrie, de wensen en de voorkeuren van de patiënt en de kennis en professionaliteit van de behandelaar. In een proces van gezamenlijke besluitvorming wordt een keus gemaakt. Meestal gaat het om antidepressiva, antipsychotica, slaap- en kalmeringsmiddelen of stemmingsstabilisatoren. Soms wordt er gebruik gemaakt van laboratoriumonderzoek en/of vragenlijsten om het effect te beoordelen.